SNP Profiles of CATIE 1000 View Data

	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14
1._CATIE 1000___	TT	AC	___	___	___	CT	___	CC	___	___	___	___	TT	AT
2._CATIE 1000___	___	___	GG	AC	TT	___	AG	___	GG	AA	CC	AG	___	___
3._CATIE 1000___	___	___	___	___	___	___	___	___	___	TT	CC	___	___	___

	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28
1._CATIE 1000___	CC	___	___	___	___	CT	AG	___	TT	___	AG	___	___	CT
2._CATIE 1000___	CC	AC	AG	AT	GG	___	___	AA	___	GG	AG	GG	GG	___
3._CATIE 1000___	CC	GT	CT	___	GG	___	___	AA	___	CC	AG	___	CC	___

	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40	41	42
1._CATIE 1000___	AC	___	GG	AC	___	___	___	___	CC	___	___	___	___	___
2._CATIE 1000___	___	AT	GG	___	GG	AA	AG	AG	___	AG	AA	GG	___	AG
3._CATIE 1000___	___	___	GG	___	GG	AA	___	___	___	___	___	CC	AA	___

	43	44	45	46	47	48	49	50	51	52	53	54	55	56
1._CATIE 1000___	AC	___	CT	AC	___	AG	___	___	___	CC	AT	AA	CC	___
2._CATIE 1000___	___	CC	___	CC	___	___	AG	AC	AG	CC	___	AA	GG	GG
3._CATIE 1000___	___	___	___	CC	CT	___	___	GT	___	CC	___	AA	CC	CC

	57	58	59	60	61	62	63	64	65	66	67	68	69	70
1._CATIE 1000___	TT	AA	CC	AA	___	GG	___	TT	GT	AG	CT	___	___	___
2._CATIE 1000___	___	___	___	___	AA	___	AA	___	AC	AG	___	AA	AC	AA
3._CATIE 1000___	___	___	___	___	___	___	___	TT	GT	AG	___	___	___	TT

	71	72	73	74	75	76	77	78	79	80	81	82	83	84
1._CATIE 1000___	TT	AA	AT	CT	___	CG	___	___	___	AA	___	___	___	CC
2._CATIE 1000___	___	AA	___	CC	AG	CG	___	AG	GG	AA	AG	GG	GG	___
3._CATIE 1000___	___	AA	___	___	___	CG	CG	TT	___	___	___	___	___	___

	85	86	87	88	89	90	91	92	93	94	95	96	97	98
1._CATIE 1000___	___	___	AG	CT	CC	AA	___	CC	___	AG	___	___	___	___
2._CATIE 1000___	AA	GG	AG	___	___	___	AA	___	GG	AG	CC	AT	AG	AG
3._CATIE 1000___	___	___	AG	___	___	___	___	___	CC	___	GG	___	___	AG

	99	100	101	102	103	104	105	106	107	108	109	110	111	112
1._CATIE 1000___	CT	___	CC	___	___	___	TT	AA	CT	GT	___	GG	TT	___
2._CATIE 1000___	___	___	___	AA	AG	CC	___	___	___	AC	AG	___	___	GG
3._CATIE 1000___	___	TT	___	___	___	___	___	___	___	GT	___	___	___	CC

	113	114	115	116	117	118	119	120	121	122	123	124	125	126
1._CATIE 1000___	___	___	AG	AG	___	___	___	GG	___	___	TT	AT	___	___
2._CATIE 1000___	AC	GG	___	___	AA	AA	GG	CC	AG	AG	___	___	CC	AC
3._CATIE 1000___	___	___	___	___	___	TT	CC	GG	AG	___	___	___	___	___

	127	128
1._CATIE 1000___	___	___	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X
2._CATIE 1000___	AG	AA	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X
3._CATIE 1000___	___	___	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X	X_X

International Cocoa Quarantine Centre, Reading (ICQC,R) United Kingdom

1._CATIE_1000 RUQ 844

Lambert Motilal, 2023

Population Assignment:

Ame
0.509 GU
0.067 IMC
0.064 LCT
0.172 Nan
0.067 Sca
0.058

2._CATIE_1000 RUQ 844

Notes: Reading_Collection

3._CATIE_1000 RUQ 844

Dapeng Zhang, 2014

Key to SNP Markers

Key to SNP Markers

1	TcSNP13	2	TcSNP19	3	TcSNP25	4	TcSNP28	5	TcSNP32
6	TcSNP33	7	TcSNP42	8	TcSNP49	9	TcSNP60	10	TcSNP75
11	TcSNP90	12	TcSNP122	13	TcSNP131	14	TcSNP143	15	TcSNP144
16	TcSNP150	17	TcSNP151	18	TcSNP154	19	TcSNP174	20	TcSNP176
21	TcSNP189	22	TcSNP193	23	TcSNP194	24	TcSNP226	25	TcSNP230
26	TcSNP240	27	TcSNP242	28	TcSNP290	29	TcSNP305	30	TcSNP316
31	TcSNP329	32	TcSNP363	33	TcSNP364	34	TcSNP372	35	TcSNP413
36	TcSNP418	37	TcSNP421	38	TcSNP429	39	TcSNP430	40	TcSNP448
41	TcSNP469	42	TcSNP497	43	TcSNP519	44	TcSNP521	45	TcSNP522
46	TcSNP529	47	TcSNP534	48	TcSNP546	49	TcSNP547	50	TcSNP560
51	TcSNP561	52	TcSNP577	53	TcSNP589	54	TcSNP591	55	TcSNP602
56	TcSNP619	57	TcSNP640	58	TcSNP642	59	TcSNP644	60	TcSNP645
61	TcSNP653	62	TcSNP660	63	TcSNP689	64	TcSNP702	65	TcSNP723
66	TcSNP731	67	TcSNP739	68	TcSNP751	69	TcSNP776	70	TcSNP799
71	TcSNP800	72	TcSNP823	73	TcSNP835	74	TcSNP836	75	TcSNP860
76	TcSNP872	77	TcSNP878	78	TcSNP891	79	TcSNP894	80	TcSNP899
81	TcSNP917	82	TcSNP929	83	TcSNP944	84	TcSNP945	85	TcSNP953
86	TcSNP994	87	TcSNP998	88	TcSNP999	89	TcSNP1010	90	TcSNP1019
91	TcSNP1034	92	TcSNP1053	93	TcSNP1060	94	TcSNP1062	95	TcSNP1063
96	TcSNP1075	97	TcSNP1096	98	TcSNP1111	99	TcSNP1112	100	TcSNP1126
101	TcSNP1144	102	TcSNP1149	103	TcSNP1156	104	TcSNP1175	105	TcSNP1205
106	TcSNP1230	107	TcSNP1237	108	TcSNP1253	109	TcSNP1270	110	TcSNP1275
111	TcSNP1293	112	TcSNP1309	113	TcSNP1350	114	TcSNP1383	115	TcSNP1401
116	TcSNP1404	117	TcSNP1414	118	TcSNP1439	119	TcSNP1442	120	TcSNP1458
121	TcSNP1484	122	TcSNP1520	123	TcSNP1524	124	TcSNP1527	125	Tcm001s00947643
126	Tcm003s01336581	127	Tcm003s07402719	128	Tcm006s26664133