SNP Profiles of SIAL-88   View Data

 Show/Hide Profiles

 Key

 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14
_Input profile
AAACCCACGGGGCTCCCCCCGGTTCCTT
1._SIAL_88___
AAAATTACGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
2._SIAL_88___
AAAATTACGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
3._SIAL_88___
AAAATTACGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
4._SIAL_88___
AAAATTACGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
5._SIAL_88___
AAAATTACGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
6._SIAL_88___
AAAATTACGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
7._SIAL_88___
AAAATTACGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
8._SIAL_88___
AAAATTACGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
9._SIAL_88___
AAAATTACGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
10._SIAL_88___
AAAATTACGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
11._SIAL_88___
AAAATTACGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
12._SIAL_88___
AAAATTAAGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
13._SIAL_88___
AAAATTAAGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
14._SIAL_88___
AAAATTAAGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
15._SIAL_88___
AAAATTAAGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
16._SIAL_88___
AAAATTAAGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
17._SIAL_88___
AAAATTAAGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
18._SIAL_88___
AAAATTAAGGGGCCCCCCCCGGTTCCCT
19._SIAL_88___
AAAA__AAGGGG__GGGG__GGAAGGAG
 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28
_Input profile
AACCAAAGGGCCCCTTAATTGGTTAACC
1._SIAL_88___
AACC__AAGGCCCGCTAATTGGTTAACC
2._SIAL_88___
AACC__AAGGCCCGCTAATTGGTTAACC
3._SIAL_88___
AACC__AAGGCCCGCTAATTGGTTAACC
4._SIAL_88___
AACC__AAGGCCCGCTAATTGGTTAACC
5._SIAL_88___
AACC__AAGGCCCGCTAATTGGTTAACC
6._SIAL_88___
AACC__AAGGCCCGCTAATTGGTTAACC
7._SIAL_88___
AACC__AAGGCCCGCTAATTGGTTAACC
8._SIAL_88___
AACC__AAGGCCCGCTAATTGGTTAACC
9._SIAL_88___
AACC__AAGGCCCGCTAATTGGTTAACC
10._SIAL_88___
AACC__AAGGCCCGCTAATTGGTTAACC
11._SIAL_88___
AACC__AAGGCCCGCTAATTGGTTAACC
12._SIAL_88___
AACC__AAGGCCGGTTAATTGGTTAACC
13._SIAL_88___
AACC__AAGGCCGGTTAATTGGTTAACC
14._SIAL_88___
AACC__AAGGCCGGTTAATTGGTTAACC
15._SIAL_88___
AACC__AAGGCCGGTTAATTGGTTAACC
16._SIAL_88___
AACC__AAGGCCGGTTAATTGGTTAACC
17._SIAL_88___
__CC__AAGGCCGGTTAATTGGTTAACC
18._SIAL_88___
AACC__AAGGCCGGTTAATTGGTTAACC
19._SIAL_88___
TTCCGGAACC__GGAAGGAAGGTTAAGG
 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42
_Input profile
GGAATTGTGGGGCCAAGGGGTTAACCAG
1._SIAL_88___
GGAATTGGAACGCCGGTTGGTTAGTTAA
2._SIAL_88___
GGAATTGGAACGCCGGTTGGTTAGTTAA
3._SIAL_88___
GGAATTGGAACGCCGGTTGGTTAGTTAA
4._SIAL_88___
GGAATTGGAACGCCGGTTGGTTAGTTAA
5._SIAL_88___
GGAATTGGAACGCCGGTTGGTTAGTTAA
6._SIAL_88___
GGAATTGGAACGCCGGTTGGTTAGTTAA
7._SIAL_88___
GGAATTGGAACGCCGGTTGGTTAGTTAA
8._SIAL_88___
GGAATTGGAACGCCGGTTGGTTAGTTAA
9._SIAL_88___
GGAATTGGAACGCCGGTTGGTTAGTTAA
10._SIAL_88___
GGAATTGGAACGCCGGTTGGTTAGTTAA
11._SIAL_88___
GGAATTGGAACGCCGGTTGGTTAGTTAA
12._SIAL_88___
GGAATTGGAACCCCGGTTGGTTAATTAA
13._SIAL_88___
GGAATTGGAACCCCGGTTGGTTAATTAA
14._SIAL_88___
GGAATTGGAACCCCGGTTGGTTAATTAA
15._SIAL_88___
GGAATTGGAACCCCGGTTGGTTAATTAA
16._SIAL_88___
GGAATTGGAACCCCGGTTGGTTAATTAA
17._SIAL_88___
GGAATTGGAACCCCGGTTGGTTAATTAA
18._SIAL_88___
GGAATTGGAACCCCGGTTGGTTAATTAA
19._SIAL_88___
CCAAAACCAACCCCGGAACCAAAAAAAA
 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56
_Input profile
CCGGTTTTAAGGAACCCCGGAAGGTTCC
1._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGG__TTCC
2._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGGTTTCC
3._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGGTTTCC
4._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGGTTTCC
5._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGGTTTCC
6._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGGTTTCC
7._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGGTTTCC
8._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGGTTTCC
9._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGGTTTCC
10._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGGTTTCC
11._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGGTTTCC
12._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGTTTTCC
13._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGTTTTCC
14._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGTTTTCC
15._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGTTTTCC
16._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACC__GGGGTTTTCC
17._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGTTTTCC
18._SIAL_88___
CCGGTTCCAAGGAACCCCGGGGTTTT__
19._SIAL_88___
GGCC__GG__GGAAGG__GGGGAAAAGG
 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70
_Input profile
CCTTGGCCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
1._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
2._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
3._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
4._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
5._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
6._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
7._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
8._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
9._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
10._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
11._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGG__TTGGGGTT
12._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
13._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
14._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
15._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
16._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
17._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
18._SIAL_88___
TTTTAACCTTCCAAGGGGAATTGGGGTT
19._SIAL_88___
AAAAAAGGAAGGAAGGGGAAAACCGG__
 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84
_Input profile
CCGGTTACAGACCCAGACGGCCATCCTT
1._SIAL_88___
CCGGTTACAACCAAAACCGGCCTTAATT
2._SIAL_88___
CCGGTTACAACCAAAACCGGCCTTAATT
3._SIAL_88___
CCGGTTACAACCAAAACCGGCCTTAATT
4._SIAL_88___
CCGGTTACAACCAAAACCGGCCTTAATT
5._SIAL_88___
CCGGTTACAACCAAAACCGGCCTTAATT
6._SIAL_88___
CCGGTTACAACCAAAACCGGCCTTAATT
7._SIAL_88___
CCGGTTACAACCAAAACCGGCCTTAATT
8._SIAL_88___
CCGGTTACAACCAAAACCGGCCTTAATT
9._SIAL_88___
CCGGTTACAACCAAAACCGGCCTTAATT
10._SIAL_88___
CCGGTTACAACCAAAACCGGCCTTAATT
11._SIAL_88___
CCGGTTACAACCAAAACCGGCCTTAATT
12._SIAL_88___
CCGGTTCCAACCAAAACCGGCCTTAATT
13._SIAL_88___
CCGGTTCCAACCAAAACCGGCCTTAATT
14._SIAL_88___
CCGGTTCCAACCAAAACCGGCCTTAATT
15._SIAL_88___
CCGGTTCCAACCAAAACCGGCCTTAATT
16._SIAL_88___
CCGGTTCCAACCAAAACCGGCCTTAATT
17._SIAL_88___
CCGGTTCCAACCAAAACCGGCCTTAATT
18._SIAL_88___
CCGGTTCCAACCAAAACCGGCCTTAATT
19._SIAL_88___
____AACCAACCAA__CCCCGGTTAAAA
 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94     
_Input profile
CTCCCTAGCCCCTTTTATGGX_XX_XX_XX_X
1._SIAL_88___
TTCTTTAACTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
2._SIAL_88___
TTCTTTAACTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
3._SIAL_88___
TTCTTTAACTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
4._SIAL_88___
TTCTTTAACTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
5._SIAL_88___
TTCTTTAACTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
6._SIAL_88___
TTCTTTAACTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
7._SIAL_88___
TTCTTTAACTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
8._SIAL_88___
TTCTTTAACTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
9._SIAL_88___
TTCTTTAACTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
10._SIAL_88___
TTCTTTAACTCC__TTAAGGX_XX_XX_XX_X
11._SIAL_88___
TTCTTTAACTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
12._SIAL_88___
TTTTTTAATTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
13._SIAL_88___
TTTTTTAATTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
14._SIAL_88___
TTTTTTAATTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
15._SIAL_88___
TTTTTTAATTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
16._SIAL_88___
TTTTTTAATTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
17._SIAL_88___
TTTTTTAATTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
18._SIAL_88___
TTTTTTAATTCCTTTTAAGGX_XX_XX_XX_X
19._SIAL_88___
AA__AA____GGAAAATTGGX_XX_XX_XX_X

Input profile: SIAL_88 GC-01-052-3-07

 
Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 9
Notes: 9
 Mars, 2018

1._SIAL_88 GC-01-052-3-07

76.6 %
92 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 14
Notes: 14
 Mars, 2018

2._SIAL_88 NA

76.3 %
93 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 4
Notes: 4
 Mars, 2018

3._SIAL_88 NA

76.3 %
93 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 10
Notes: 10
 Mars, 2018

4._SIAL_88 NA

76.3 %
93 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 9
Notes: 9
 Mars, 2018

5._SIAL_88 NA

76.3 %
93 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 7
Notes: 7
 Mars, 2018

6._SIAL_88 NA

76.3 %
93 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 6
Notes: 6
 Mars, 2018

7._SIAL_88 NA

76.3 %
93 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 5
Notes: 5
 Mars, 2018

8._SIAL_88 NA

76.3 %
93 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 1
Notes: 1
 Mars, 2018

9._SIAL_88 GC-01-052-3-07

76.3 %
93 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 8
Notes: 8
 Mars, 2018

10._SIAL_88 NA

76.1 %
92 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 11
Notes: 11
 Mars, 2018

11._SIAL_88 GC-01-052-3-07

76.1 %
92 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 15
Notes: 15
 Mars, 2018

12._SIAL_88 NA

73.7 %
93 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 13
Notes: 13
 Mars, 2018

13._SIAL_88 GC-01-052-3-07

73.7 %
93 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 13
Notes: 13
 Mars, 2018

14._SIAL_88 GC-01-052-3-07

73.7 %
93 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 2
Notes: 2
 Mars, 2018

15._SIAL_88 GC-01-052-3-07

73.7 %
93 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 1
Notes: 1
 Mars, 2018

16._SIAL_88 NA

73.4 %
92 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 12
Notes: 12
 Mars, 2018

17._SIAL_88 NA

73.4 %
92 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 8
Notes: 8
 Mars, 2018

18._SIAL_88 GC-01-052-3-07

73.4 %
92 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Tree: 12
Notes: 12 > FP2
 Mars, 2018

19._SIAL_88 GC-01-52-3-7

31.3 %
80 shared markers

Mars Center for Cocoa Science, Brazil
Location: Field: 1, Block: 3, Rep: 7, Tree: 1
Notes: MCCS_Structure_refs_above_0.9membership
 Mars, 2018

 


  Key to SNP Markers

1TcSNP1075 2TcSNP1350 3TcSNP534 4TcSNP591 5TcSNP42
6TcSNP418 7TcSNP702 8TcSNP1096 9TcSNP1060 10TcSNP1165
11TcSNP429 12TcSNP75 13TcSNP891 14TcSNP122 15TcSNP316
16TcSNP521 17TcSNP860 18TcSNP1062 19TcSNP836 20TcSNP878
21TcSNP929 22TcSNP413 23TcSNP653 24TcSNP1149 25TcSNP174
26TcSNP32 27TcSNP372 28TcSNP448 29TcSNP872 30TcSNP953
31TcSNP1034 32TcSNP1175 33TcSNP1111 34TcSNP577 35TcSNP90
36TcSNP998 37TcSNP150 38TcSNP28 39TcSNP751 40TcSNP1484
41TcSNP602 42TcSNP561 43TcSNP894 44TcSNP1063 45TcSNP1126
46TcSNP1270 47TcSNP606 48TcSNP329 49TcSNP689 50TcSNP944
51TcSNP1242 52TcSNP1383 53TcSNP547 54TcSNP776 55TcSNP1309
56TcSNP151 57TcSNP1520 58TcSNP799 59TcSNP899 60TcSNP226
61TcSNP1439 62TcSNP1442 63TcSNP193 64TcSNP25 65TcSNP364
66TcSNP230 67TcSNP560 68TcSNP723 69TcSNP731 70TcSNP701
71TcSNP1041 72TcSNP645 73TcSNP917 74Tcm003s01336581 75Tcm003s07402719
76Tcm001s00947643 77Tcm006s26664133 78Tcm002s20575712 79TcSNP529 80TcSNP1458
81TcSNP60 82TcSNP430 83TcSNP823 84TcSNP619 85TcSNP994
86TcSNP1144 87TcSNP1156 88TcSNP469 89TcSNP999 90TcSNP242
91TcSNP1253 92TcSNP1414 93TcSNP154 94TcSNP240